水中微生物通常以大肠杆菌群密度作为指标，大肠杆菌群不代表某一个或某一属细菌，指的是一群具有某些特性的细菌。大肠杆菌群分布范围广，同时存活在环境、人体与动物的消化道中，且在环境中存活能力较强；大部分的大肠杆菌群是无害的，但如果这些细菌出现在饮用水中，并且超过管制标准，代表水中可能有病原菌，尤其老人、婴儿免疫系统差，就可能会造成健康上的危害，因此大肠杆菌群常被用为饮用水水质安全之指标微生物。由于其在水中广泛存在且存活性较一般病菌高，因此当水中检测出大肠杆菌群时，即必须注意是否有其他致病微生物之存在。受粪便污染之水样中，多以典型大肠杆菌（E.Coli）为主，而外界环境中则以大肠杆菌群其他型别较多。