化学结构文件格式（chemical structure file format），理学-化学-物理化学-化学信息学-化学结构文件格式，分子的化学结构一般以文件的形式存储于计算机磁盘上。存储分子结构的文件格式已超过100种，但是并没有形成统一的标准。造成这种现状的原因是：很多较早的化学软件由各化学研究团队自行开发并供本实验室使用，不同实验室使用的操作平台不同，研究目的和方法各有差异，故导致软件之间缺乏方便的接口。各化学软件开发商在设计自己的软件时虽然也提供和最流行的化学软件的接口，但几乎每种软件都会推出一种甚至多种只适于该软件的专用格式，使得化学结构的文件格式越来越繁多。在众多的化学结构文件格式中，使用较多的有Tripos公司的mol2、蛋白质结构数据库的PDB、MDL公司的Mol和SDF，剑桥晶体结构数据库使用的CCD、Chem3D使用的C3D等。鉴于各种文件格式之间相互转换的重要性，一些公司和非营利机构开发了一些用于分子结构文件格式转化的工具，其中比较常用的有OpenBabel（Babel）、Convert、ConSyBtant、VEGA ZZ、Mol2Mol等。