化学结构存储格式（chemical structure storage format），理学-化学-物理化学-化学信息学-化学结构存储格式，分子的化学结构的编码是实现计算机内化学文件存储和检索的基础，它是一种特殊的、化学特有的语言体系。根据编码原则和方法的不同，现行的编码方法可分为系统命名码、碎片码、线性码、拓扑码、连接表等。这些编码都具有不同的特点。系统命名码中最著名的是IUPAC系统码和CA索引码。其中，IUPAC系统码是由国际纯粹与应用化学联合会（IUPAC）规定的，而CA索引码是由美国化学文摘（CA）所提供的检索工具。IUPAC系统码不具有唯一性，CA索引码虽然有唯一性和单一性的特征，但它和IUPAC系统码一样，都不能很好地反映分子的结构特征。碎片码是将分子结构分割成不同的片段，利用不同片段编码的组合命名的一种编码，它基本上能满足用计算机来处理分子结构，但对于没有被定为碎片的子结构，则不能用于检索。线性码也具有不能检索子结构的缺陷。