毛细管电泳测序仪（capillary electrophoresis sequencer），理学-化学-分析化学-生命分析化学-DNA甲基化分析-毛细管电泳测序仪，利用毛细管凝胶电泳或非胶毛细管电泳为尺寸分离工具的第二代DNA自动测序仪器。又称DNA自动测序仪。依据测序原理包括桑格双脱氧链终止法和马克萨姆-吉尔伯特化学降解法，以阵列式非胶毛细管电泳为分离和检测工具，进行自动化的测序和翻译。毛细管电泳发端于1981年，而能用于尺寸分离的毛细管电泳则是由S.耶滕[注]于1985年发明的，第一台DNA自动测序仪是L.M.史密斯[注]依据桑格测序原理于1987年发明的。毛细管电泳测序仪被用于人类基因组测序计划，使该计划在2001年提前完成。该类仪器也可以用于基因分型、微卫星DNA分析等。