全新蛋白质设计（de novo protein design），理学-化学-物理化学-生物物理化学-全新蛋白分子设计，人工设计能够折叠成特定三维结构的氨基酸序列，使目标蛋白质分子获得预想功能的方法。蛋白质全新设计与蛋白质结构预测的目标正好相反，前者是根据预定的三维结构来得出氨基酸序列；而后者是从氨基酸序列出发，预测其最终折叠成的三维结构。全新蛋白质设计强调创造出自然界中不存在的蛋白质品种，在理念上不同于蛋白质工程中对天然蛋白质的定点突变、化学修饰或者结构域拼装等做法。全新设计的蛋白质有可能弥补天然蛋白质在功能应用方面存在的不足。