土壤生态影响（ecological impact on soil），理学-生物学-生物工程-基因工程，转基因生物的残体、分泌物、排泄物等对土壤的理化性质和结构、生物群落以及生态功能造成的影响。发展进程1997年有研究者发现4种不同转基因棉花促使土壤中细菌和真菌数量显著增加。1998年有报道指出抗虫转基因棉花可以提高土壤中细菌和真菌的数量。转基因晶体蛋白在杀伤靶标生物的同时，也会对非靶标生物产生影响。因此，转基因生物中转基因的数量在环境中（尤其是土壤环境中）累积已经引起人们的广泛关注。转基因分泌物可能通过吸附作用与土壤活性颗粒结合在一起，在土壤中逐渐富集，例如黏土矿物、腐殖酸、有机矿物聚合体等可吸附外源蛋白质。