同源性搜索（homology search），理学-生物学-生物工程-蛋白质工程-蛋白质工程-蛋白质功能分析-生物信息学分析，将待查的序列与已存入数据库中的序列进行比较，并计算出相似性的比例，查找与目的序列匹配的序列的过程。又称相似性搜索（similarity search）。基本内容把未知序列作为查询序列，在数据库里搜索与之相似的已有序列，来识别同源蛋白质。对序列进行同源性搜索，需要将被检索的序列与数据库中的每个序列进行双序列比对（又称序列联配）：即通过比较两个序列之间的相似程度、区域和保守位点，寻找两者的分子进化关系。双序列比对是数据库同源性搜索的基础，通过序列两两比对，可以从数据库中找寻与未知序列相似性高的序列，如果两条序列之间的相似性超过30%，可以粗略的估计它们是同源序列，进而推断序列可能的生物学属性，研究序列之间的亲缘性和进化关系，识别序列中的保守序列，并对序列的功能进行预测，序列比对也是蛋白质三级结构预测的重要工具。常用的生物序列同源性搜索工具是基本局部比对搜索工具（BLAST）和FASTA算法。