等沟巨盘吸虫是同盘科、巨盘属微生物。体长7.1-12.0 mm，体宽4.0-5.3 mm，最大体宽在腹吸盘处，向前逐渐变窄尖，整个虫体向腹侧弯曲成钩状。在虫体的头端、腹面和腹吸盘的腔缘密布小乳突。生殖孔位于近头端、腹侧。腹吸盘很大，直径约占体长的1/3-1/2。腹吸盘与体长比约为1:2.1。口吸盘位于前端，球形或椭圆形，直径0.7-1.0 mm。食道短，无肌肉质膨大。排泄囊位于卵巢背侧；卵巢位于后睾丸后部，呈球形或椭圆形。梅氏腺位于卵巢后方，卵黄腺小，位于口腹吸盘之间、肠管外侧。子宫盘曲并在前睾丸前而开口于生殖孔。睾丸2个，扁形分叶，位于虫体中部，前后斜列，大小为1.0-1.4×1.2-1.5 mm。