系统发育

系统发育也称系统发展，是与个体发育相对而言的，它是指某一个类群的形成和发展过程。大类群有大类群的发展史，小类群有小类群的发展史，从大的方面看，如果研究整个植物界的发生与发展，便称之为植物界的系统发育。系统发育学研究的是进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表(进化树)来描述，这个进化树就描述了同一谱系的进化关系，包括了分子进化(基因树)、物种进化以及分子进化和物种进化的综合。系统发育的建树方法都会预先假定一个进化模型(Penny et al., 1994)。比如，所有广泛使用的方法都假定进化的分歧是严格分枝的，因此我们可以用树状拓