丽江秋海棠是多年生草本植物，根茎可入药。植株大小极多变，无直立茎，具球形的根状茎，直径约1厘米。叶基生，1-2叶，叶片卵状心形，长5-15厘米，宽4-11厘米，先端短渐尖，基部稍心形，近对称，边缘具不规则牙齿，叶面深绿色，无毛或疏被短柔毛，背面淡绿色，有时带紫红色，沿主脉被柔毛；叶柄长10-15厘米，无毛。聚伞花序多个组成复花序，偏向一侧形成不对称的圆锥状花序，多花，淡红色或粉白色，较小。雄花：花梗长 0.7厘米，纤细；花被片4，外面2枚圆卵形或广椭圆形，长7-8毫米，宽4-6毫米，外面疏生腺柔毛，内面2枚狭长圆形，长5毫米，宽1.5毫米；雄蕊10余枚，雄蕊柱长1毫米，花药长圆形，长1毫米，药隔狭，不伸出。雌花：花梗长1厘米；花被片4，外面2枚卵圆形或广椭圆形，长1.2厘米，宽5-6毫米，外面疏生腺柔毛，内面2枚狭长圆形，长6毫米，宽2毫米；子房3室，具不等3翅，被红色腺柔毛，每室胎座裂片2；花柱3，茎部2/3合生，柱头先端2分枝扭转成头状。蒴果卵形，长0.7厘米，宽0.5厘米，有不等3翅，较大翅长三角形，长1-1.2厘米，稍上升，先端钝，其余2翅短三角形，近水平伸展。