根曲邦活佛，还在母腹中的时候，祖古根曲邦就被母亲许诺供养给至尊空行母门措上师出家。他出生在1985年10月1日的清晨，中午时分，爷爷带着这个襁褓中的婴儿离开家门，在傍晚时分到达色达喇荣五明佛学院。孩子被法王赐名“根曲邦”，意思是“佛的眷属”。此生除了这个法名之外，根曲邦活佛不曾有过别的名字。活佛的家族中，历代出现过无数的成就者，从一世敦珠法王、四世华智仁切、金刚手化身多吉札德、多智钦仁切到法王如意宝晋美彭措，此外还有如至尊空行母门措上师、空行母卓登秋央旺、美珠空行母等众多女性大成就者。一世敦珠法王曾授记：“从我开始以下至七世，所有生在我的家族中的人，都是菩萨化身，临终都会往生西方极乐世界；七世以后我会与阿弥陀佛一起来接引我的眷属。”敦珠仁，波切是喇荣圣地的创建者，而再次在喇荣高竖法幢的法王如意宝，则是一世敦珠法王外孙子。根曲邦活佛的母亲，是法王与美珠空行母最小的妹妹的女儿。但自小由美珠空行母抚养长大的根曲邦，很自然地称美珠空行母为妈妈，叫法王舅舅，而门措上师则是姐姐。从活佛出生被送到学院，一直到2000年，他们四个人始终互相照顾，生活在一起。