利用微生物产生的卡拉胶酶可以降解卡拉胶的β (1，4)糖苷键产生不同相对分子质量和组成的系列卡拉胶寡糖，通过对降解产物组成与结构的研究可以判定卡拉胶酶的类型和寡糖的类型。卡拉胶寡糖主要由卡拉胶降解得到，相对卡拉胶而言，卡拉胶寡糖分子量较小、溶解性较好、稳定性和安全性都有所改善，同时因分子链上的活性基团充分暴露，其原有的活性得到提高，甚至产生了新的活性。已经有许多采用微生物酶法降解卡拉胶制备寡糖的方法，相比于传统的酸水解法，卡拉胶酶制备寡糖的优点在于，首先，由于卡拉胶酶识别位点与切割位点的专一性，能够产生特定长度的卡拉胶寡糖片段，不会出现聚合度不同的混合物；其次，酶的作用方式温和，对多糖及寡糖产物无破坏作用，产物不会受到酸碱污染，纯化简易、方便。