云南穗蕨是一种穗蕨属植物。主轴呈假单轴式分枝，两端缺失，向上无明显渐细的趋势。主轴至少长 9.5 cm，粗11~12 mm，在侧枝分枝处略加粗，侧枝与主轴之间的夹角为40°~50°，呈螺旋状排列。表面具不规则纵纹，最宽可达 0.5 mm。侧生枝（扁化枝）为二歧式，长至少 8.5 cm；近轴处粗 4~6 mm，远轴处明显扁化，在分枝点处最宽可达 20 mm 以上；分枝至少达 6 次，各次分枝夹角为 25°~45°；标本末级小枝宽2~3 mm，顶端未见保存，可能会有更次一级的分叉。各级分枝表面均具大致平行的纵纹，有时可见分叉。能 育 枝 也 为 二 歧 式 分 枝， 长 达14.5 cm，粗 2~10 mm，分叉至少两次以上，夹角为20°~60°。顶端着生孢子叶穗，长达 7 cm，直径 10~20 mm，顶端渐尖。孢子叶在穗轴上呈螺旋状排列，通常为 5~6 纵列。孢子叶长4~6 mm，平均宽1.3 mm；在顶端分叉一次，其基部较宽，沿穗轴分别向上、向下延伸。孢子叶脱落后，穗轴上留下明显的叶座，叶座卵形至椭圆形，长约 2 mm，宽 0.8~1 mm，上、下叶座彼此不接触，亦有例外的。