痕迹器官是失去功能，在发育中退化，只留残迹的器官。如：人的阑尾、胸毛、尾椎骨；蟒蛇体内有后肢残留下来的髋骨，体外的侧鳞片中能找到与髋骨相联系的爪；在植物中仙人掌的刺是叶的痕迹器官，这些都说明在生活条件改变的情况下，长期适应新生活的结果。出现于拉马克的获得性状遗传学说，他认为生物生长的环境会使他们产生某些需求，生物通过改变旧的器官或是产生新的痕迹器官以适应这些需求，并将这些性状的改变遗传给下一代。在动物体上尚残存1种或数种对个体的生存无明显功能的器官，称为“痕迹器官”。如生活在海中的鲸的后肢已经完全退化，但在体内还有腰带骨、股骨和胫骨等后肢骨的遗迹。海牛的前肢变为桨状，指端还保留有退化的蹄的痕迹，后肢退化，但仍保留着残存的后肢骨。这些痕迹器官足以证明鲸和海牛起源于陆生脊椎动物。